Po 2.světové válce byla již tramvajová doprava v žalostném stavu. Hledalo se řešení a opět se nabízela tehdejší "dopravní móda" - trolejbus. Po Praze, Plzni, Zlíně a Mostě byl pátým trolejbusovým systémem provoz v Českých Budějovicích (znova připomínáme, že zde ale už podruhé). Provoz začal na lince A Stalinovo náměstí - Čtyři Dvory (tedy za tehdejší hranice města!!!) 28.10.1948. Velmi rychle byly vybudovány linky B na Rudolfov a G okruh vnitřním městem (obě 6.8.1949), E do Suchého Vrbného (7.8.1949), k Plzeňské zastávce - tedy po úseku s tramvají 11.9.1949 (linka C), na hřbitov sv. Otýlie prodlouženo 29.10.1949 a linka D do Rožnova také 29.10.1949. Jelikož chyběl dostatek trolejbusů, byl až do ukončení tramvajového provozu 28.02.1950 provozován úsek na Pražské předměstí i tramvajemi. Je zajímavé, že podle původního projektu byly všechny tratě původně projektované za hranice města, a proto byly smyčky později koncové (prokazatelně Suché Vrbné a Čtyři Dvory) vystavěny jako nácestné, přičemž průběžná trať končila asi 30 m za smyčkou ukotvením. Realizovány byly pouze tratě do Rudolfova (kupodivu málokdy označovaná jako meziměstská) a Nemanická trať kolem hřbitova, ke kterému byly, počítaje několikaletou výluku Pražské ulice, trolejbusy zavedeny 4x a 3x zrušeny.

Dopravnímu podniku se brzy přestalo zamlouvat písmenné označení linek a při reorganizaci se provoz po celou dobu ustálil na těchto čtyřech linkách:

1 : ČTYŘI DVORY - RUDOLFOV
2 : NEMANICE - NÁDRAŽÍ
3 : SUCHÉ VRBNÉ - ROŽNOV
4 : OKRUH centrem města

Kromě dílčího prodloužení v Nemanicích a přeložek v centru se jiné trati město v tomto období nikdy nedočkalo. Od roku 1968 byly jednotlivé linky omezovány, až byl v duchu tehdejšího předpisu dne 24.9.1971 provoz definitivně zastaven.

Ještě si v krátkosti popíšeme vozidla, kterými byl druhý trolejbusový provoz zajišťován. V prvních letech Dopravní podnik pořídil 12 trolejbusů Vetra-ČKD, což je nejvíce ze všech trolejbusových systémů v ČR. Tyto trolejbusy byly vybaveny pomocnou baterií a využívaly se kupříkladu i k objednaným svatebním jízdám před radnici, tedy mimo trolejové vedení. Následovaly typy 7Tr (22 kusů), 8Tr (16 ks) a 9Tr (8 ks). Dopravní podnik také zakoupil 5 ojetých trolejbusů Tatra T400 I a II série z Mostu. Ty byly ale velice neoblíbené a hned po roce se jich DP zbavil. K dispozici měl za celou dobu 2.období tedy 63 trolejbusů, vesměs nových (vyjma oněch pěti T400). 15 původem Budějovických trolejbusů našlo uplatnění jinde (Děčín, Bratislava, Prešov a hlavně Jihlava a Hradec Králové). Dalších dvacet let trvalo, než se trolejbusy vrátily do ulic města potřetí.