Již na počátku raného středověku leželo území pozdějšího Českého království na křižovatce evropského vnitrozemského obchodu: od jihu k severu procházela moravskými úvaly prastará "jantarová stezka", od západu k východu putovaly zeměmi karavany kupců do oblastí východních. Kromě těchto hlavních tepen obchodu spojovala Čechy se sousedními zeměmi řada stezek, patrně velice starých. Jednou z nejvýznamnějších byla později zvaná "Zlatá stezka", spojující Čechy s Bavorskem, která protínala šumavský prales. Především ve středověku získala stezka neobyčejný význam díky obchodu s bavorskou solí, dopravovanou soumary z biskupského Pasova do Prachatic. V době začínajícího obchodu na stezce a v souvislosti s kolonizací šumavských hvozdů pravděpodobně existovala osada (nyní Staré Prachatice). Vedlejší osada - na místě pozdějšího města - vznikla pravděpodobně po polovině 13. století v kotlině, která je obklopena pěti kopci - na jihu s nejvyšším z nich Libínem - a postupně se stala lokálním centrem. Prosperita nového města byla zabezpečena, když vyšehradský probošt Jan pronajal r. 1323 Prachatičanům mýto na "Zlaté stezce" za 18 hřiven stříbra a když město získalo právo trhu.

Město bylo konce roku 1893 spojeno železnicí s českým vnitrozemím (do Číčenic) a o šest let později v roce 1899 s nedalekými Volary blízko bavorských hranic. Bavorska (Haidmühle) však dráha dosáhla až roku 1910 a vlaky jezdily tímto směrem až do konce druhé světové války v roce 1945. Po roce 1990 se sice opět usilovalo o propojení Prachaticka s Bavorskem, ale díky velmi silné automobilní lobby na bavorské straně z toho záměru bohužel sešlo, a i poslední pokusy o obnovení kolejové dopravy z roku 2003 jsou bohužel spíše ze sféry sci-fi.

Samotná stavební činnost na přelomu 19. a 20. století se na obrazu města podepsala významným způsobem: vznikly nádherné stavby německého gymnázia, studentského domova a především Nové radnice (z roku 1903 ve stylu německé novorenesance). Na Dolním předměstí byla v roce 1906 otevřena nemocnice, pod svahem Libína byly vystavěny lázeňské budovy Lázní sv. Markéty, které postupem času přestaly plnit svou funkci, ale dnes je opět veliký zájem o vzkříšení prachatického lázeňství. Současné Prachatice mají krásně renovované historické centrum a jsou výchozím bodem pro mnoho návštěvníků centrální části Šumavy. Prachatice mají více jak 12 tisíc stálých obyvatel.

Městskou dopravu v Prachaticích zajišťuje ČSAD Autobusy České Budějovice, provoz Prachatice na dvou vnitroměstských linkách, které však nemají oficiální statut městské veřejné dopravy. Provoz je zajištěn v pracovní dny ráno a odpoledne, a na městské dopravě jsou nasazovány klasické linkové autobusy (zpravidla Karosa C 734, popřípadě SOR 9,5). Označníky se používají klasické "čéesáďácké mikulášské hole" meziměstské linkové dopravy, tedy se žlutě natřenými trubkami. Rozsah provozu nejen že zhruba odpovídá stavu před rokem 1990, ale je ve své podstatě i mírně větší, protože dříve poměrně velkou část spojů na místní dopravě zajišťovaly meziměstské linky přijíždějící do Prachatic.

V roce 2002/2003 zajišťovaly městskou dopravu dvě linky:

Linka 370680: Prachatice, škola Národní ul.-Prachatice, aut.nádr.-Prachatice, Krumlovská ul.

Provoz byl zajištěn v pracovní dny třemi páry spojů v ranní špičce a dvěma v odpolední špičce.

Linka 370690: Prachatice, nemocnice - Prachatice, aut.nádr.- Prachatice,škola Zlatá stezka

V trase mezi autobusovým nádražím a nemocnicí byly vedeny čtyři páry spojů v pracovní dny a jeden v neděli odpoledne, na pár spojů z autobusového nádraží ke škole Zlatá stezka vyjížděl autobus jen v neděli před dnem školního vyučování ve 20:20.

Někdy poté došlo ke sloučení obou linek do jediné, označované nadále jako 370680:

Jízdní řád linky 370680 platný od 10. 12. 2006

Prachatice - Prachatice,aut.nádr. - Prachatice,Krumlovská - Ktiš - Březovík

Jízdní řád vznikl prostým sloučením jízdních řádů obou předchozích linek, novinkou je páteční pár spojů Prachatice 12:55 - Ktiš, Březovník 13:25 / 13:30 - Prachatice 14:00.

Popis obsluhy města veřejnou dopravou by nebyl úplný, kdybychom nezmínili ještě jednu linku, která zde zajišťuje "veřejnou dopravu". Doprava touto linkou je zajišťována v dopoledních hodinách pracovních dní v hodinovém taktu z města k nemocnici, a zajišťuje jí Nemocnice s poliklinikou v Prachaticích. Jako "autobus" slouží sanitní vozidlo Škoda 1203.